Campeón como jugador, en sus dos ciclos como entrenador, el otrora golero no pudo aún celebrar títulos con Nacional; club en el que, en lo que transita del siglo XXI, Lasarte, Álvaro Gutiérrez y Juan Ramón Carrasco, cuentan con los mejores números.
Tras caer en la final del torneo Apertura 2020 ante Rentistas, Gustavo Munúa dejó de ser el entrenador de Nacional, a quien había llegado en el inicio de la presente temporada y en lo que ha sido su segundo ciclo como Director Técnico del club.
El primer pasaje de Gustavo Munúa como entrenador de Nacional fue en la temporada 2015/16. En dicha ocasión llegó en reemplazo de Álvaro Gutiérrez quien había logrado el título de campeón Uruguayo con los tricolores en la temporada 2014/15, tras ganar a Peñarol en final única, en la que Gustavo Munúa integró dicho equipo campeón, como futbolista.
En su primer ciclo en Nacional, en 2015/16, Gustavo Munúa concluyó segundo en el torneo Apertura, una unidad detrás del campeón Peñarol y en el Clausura, finalizó a ocho puntos del campeón Plaza. En cuanto a partidos clásicos ante Peñarol, disputó dos y empató ambos, uno por Apertura y otro por Clausura de la temporada 2015/16.
A nivel internacional, en su primer ciclo en Nacional, Gustavo Munúa dirigió en la Copa Sudamericana 2015, en la que fue eliminado en segunda fase por Independiente Santa Fé de Colombia, y en la Copa Libertadores 2016, en la que llegó hasta cuartos de final, instancia en la que cayó ante Boca Juniors, de Argentina, en tanda de penales.
Primer Ciclo
Temporada: 2015/16
Jugados: 44
Ganados: 20
Empates: 14
Derrotas: 10
Puntos: 74 (56%)
Goles convertidos: 67
Goles recibidos: 50
El segundo ciclo de Gustavo Munúa en Nacional, llegó también en sustitución de Álvaro Gutiérrez, quien también venía de lograr el título de campeón Uruguayo en 2019, tras ganar en la final a Peñarol.
En este segundo ciclo como entrenador de Nacional, en la actual temporada 2020, Gustavo Munúa cayó en la final de la Supercopa Uruguaya: 4-2 ante Liverpool en prórroga. En el torneo Apertura lo culminó en la primera posición y perdió en la final ante Rentistas, también en prórroga. Disputó un clásico ante Peñarol, por torneo Apertura, el cual culminó igualado.
A nivel internacional, en la edición 2020 de Copa Libertadores, Nacional, dirigido por Gustavo Munúa, comparte el primer puesto en la serie clasificatoria junto a Racing, a una fecha de final de dicha instancia y con el pasaje a octavos de final ya asegurado.
Segundo Ciclo
Temporada: 2020
Jugados: 22
Ganados: 11
Empates: 7
Derrotas: 4
Puntos: 40 (61%)
Goles convertidos: 36
Goles recibidos: 24
Lasarte el tricampeón
En lo que transcurre del siglo XXI, pasaron 17 entrenadores por Nacional, alguno por más de un período tales los casos del citado Gustavo Munúa, Álvaro Gutiérrez, Martín Lasarte, Hugo De León, Daniel Carreño o Gerardo Pelusso.
En lo que transcurre del siglo XXI, Nacional logró 10 títulos de campeón Uruguayo en 20 temporadas, es decir ganó la mitad de los torneos disputados (los restantes 10 se los repartieron: Peñarol 6, Danubio 3 y Defensor Sporting 1). Los entrenadores que fueron campeones del torneo Uruguayo, con Nacional, en lo que transcurre del siglo XXI fueron: Martín Lasarte (3), con dos títulos está Álvaro Gutiérrez, en su segundo éxito en 2019, la temporada la comenzó el entrenador argentino Eduardo Domínguez, y con un título cada uno: Hugo De León, Daniel Carreño, Gerardo Pelusso, Juan Ramón Carrasco (en 2010/11 comenzó Luis González) y el argentino Marcelo Gallardo.
En cuanto a puntos quien mejor marca logró es Juan Ramón Carrasco, con una media de 72,2% de puntos ganados, apenas superior al 71,5% de los puntos ganados por Álvaro Gutiérrez en sus dos pasajes por Nacional, con la salvedad de Gutiérrez dirigió 76 partidos y Carrasco 30. Gustavo Munúa, quien acaba de dejar de ser el entrenador de Nacional, en sus dos ciclos como entrenador de los albos, obtuvo el 57,6% de los puntos en disputa, superior únicamente en lo que transcurre del siglo XXI a Eduardo Domínguez, Luis González y a Daniel Enríquez (interinato de un partido).
| ENTRENADOR | PJ | % PTS. |
| Juan Ramón Carrasco | 30 | 72,2% |
| Álvaro Gutiérrez | 76 | 71,5% |
| Alexander Medina | 54 | 66,7% |
| Eduardo Acevedo | 41 | 66,7% |
| Juan Carlos Blanco | 7 | 66,7% |
| Martín Lasarte | 155 | 66,2% |
| Marcelo Gallardo (ARG) | 39 | 65,0% |
| Hugo De León | 72 | 63,4% |
| Gustavo Díaz | 23 | 62,3% |
| Rodolfo Arruabarrena | 27 | 61,7% |
| Daniel Carreño | 137 | 60,6% |
| Gerardo Pelusso | 101 | 58,7% |
| Santiago Ostolaza | 24 | 58,3% |
| Gustavo Munúa | 66 | 57,6% |
| Eduardo Domínguez (ARG) | 8 | 41,7% |
| Luis González | 12 | 36,1% |
| Daniel Enríquez | 1 | 0,0% |
Foto: http://www.nacional.uy
Deportes y Datos 
Excelente la estadística, técnico que no influye en el Uruguay, mentalidad netamente europea
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